El software CytExpert separa la compensación y la adquisición de muestras en experimentos independientes con las designaciones .xitc y .xit, respectivamente. El investigador puede elegir cuál se ejecuta primero.

1. Si se necesita una nueva compensación, generar de la siguiente manera:
   
   1. Prepare todos los controles necesarios sin teñir y de un único color usando esferas o células de compensación.
   2. .Seleccione Nueva compensación en el menú Archivo, ponga nombre el archivo y haga clic en Guardar
   3. Seleccione los canales que requieren una compensación y, a continuación, seleccione Tipo de muestra de los tubos de control preparados. Los tubos sin verificar no necesarios para el experimento. Seleccione Aceptar.
      Nota: La información de la etiqueta y del N.º de lote se puede introducir y conservar en la biblioteca de compensación si lo desea.
      
      CytExpert crea automáticamente una lista de tubos vacíos correspondientes en el panel de tubos, así como todos los gráficos necesarios para bloquear las poblaciones positivas y negativas.
      
   4. Cargue las correspondientes fluoroesferas o células de muestra de color sin teñir o de color único y seleccione en el panel de adquisición.
   5. Si es necesario, ajuste la ventana de dispersión para que se incluya en la población deseada. Ajuste el control deslizante en el gráfico de fluorescencia para que los picos negativos y positivos aparezcan en una posición adecuada. Mueva las compuertas positivas y negativas para incluir los picos correspondientes.
   6. Una vez que las compuertas estén bien ubicadas, seleccione .
   7. Repita los pasos d-f para todos los tubos.
   8. Después de recopilar datos para todas las muestras de compensación necesarias, genere la matriz de compensación seleccionando Cálculo de la compensación en la barra de herramientas o en el menú de configuración.
      
   9. Aparecerá la ventana Matriz de compensación mostrando los valores de compensación. Seleccione Guardar como para exportar la matriz de compensación como archivo .comp y especifique la ruta del archivo. Seleccione Guardar en biblioteca de compensación para guardar los valores de compensación de color individuales en la biblioteca de compensación. Haga clic en Aceptar y seleccione Cerrar.
   10. Para guardar o sobrescribir la matriz de compensación a la biblioteca, abra experimento de compensación, ejecute controles de compensación. Una vez completado, calcule la compensación. A continuación, guarde la biblioteca libre utilizando el botón designado bajo la matriz de compensación (ventana emergente). “Guardar como matriz comp”, “Guardar como biblioteca comp.” Elija un nombre.
       Consejo rápido:Para aplicar una compensación retroactiva (comience con un experimento primero, aplicando una compensación), abra un experimento, ejecute sus muestras. Haga clic con el botón derecho en la muestra, aparece una casilla “Aplique compensación”. Junto a su tubo, hay un icono/casilla sin marcar (muy a la izquierda), haga clic con el botón derecho en el icono para aplicar la matriz de compensación. Desde allí, elija su matriz. A continuación, aplique la compensación a todos los tubos.